Η Π.Ε.Τ.Α. Α.Ε.   έχει οργανώσει τη λειτουργία και τις δραστηριότητες της με βάση τα κυριότερα θεματικά πεδία τα οποία απασχολούν τους φορείς του δημόσιου και κοινωνικού τομέα, στους οποίους κατά προτεραιότητα προσφέρει τις υπηρεσίες της:
•   Περιφερειακή Ανάπτυξη και Αναπτυξιακός Προγραμματισμός
•   Εφαρμογή των συγχρηματοδοτούμενων από την Ευρωπαϊκή Ένωση Επιχειρησιακών Προγραμμάτων 2000 – 2006
•   Επιστημονική Υποστήριξη στην προετοιμασία για την 4η Προγραμματική Περίοδο 2007-2013 των συγχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων (περιεχόμενο, διαχείριση, επάρκεια δικαιούχων) και στην  εφαρμογή τους
•    Κοινωνία της Πληροφορίας
•    Ανάπτυξη Ανθρωπίνου Δυναμικού και Απασχόληση
•    Επιστημονική Υποστήριξη στα θεσμικά ζητήματα της Αυτοδιοίκησης
•    Επιχειρησιακός Σχεδιασμός των Ο.Τ.Α.
•    Τοπική Ανάπτυξη και Επιχειρηματικότητα
•    Επικοινωνία